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[2008/01/31]
創薬研究向け「JChem Extensions」を販売開始、グローバルに展開
〜 ChemAxon社ライセンスとワーク・フロー型プラットフォーム「KNIME」(ナイム)を連携 〜

 インフォコム株式会社(東京都千代田区 代表取締役社長 吉野 隆、以下インフォコム)は、ChemAxon社製品を創薬研究用ワーク・フロー型プラットフォーム「KNIME」上で利用できる機能と化学構造を取り扱う基本的な機能から化合物の物性計算や各種計算処理機能で構成する自社開発パッケージソフトウェア「JChem Extensions」を、全世界の創薬研究向けに販売を開始いたします。

 創薬研究分野では、複数の科学計算プログラムを組み合せて利用する煩雑さを解消するワーク・フロー型プラットフォームに対する要望が高まっています。この状況を踏まえ、インフォコムは、「KNIME」上で商用利用可能な計算処理等のモジュール(ノード)の全世界での開発・販売が可能となる契約を、「KNIME」の開発元であるKNIME GmbH(ドイツ・コンスタンツ)と締結しました(2008年1月17日公表)。
 「JChem Extensions」は、その開発製品の第一弾であり、既に複数の欧米製薬会社で試用評価され、現場研究者の意見を反映し洗練させた製品となっています。

 「JChem Extensions」は、世界的に評価の高いケムインフォマティクス・ツール・ベンダーであるハンガリーのChemAxon社(Máramaros köz 3/a,Budapest, 1037 Hungary CEO Ferenc Csizmadia)の協力の下、インフォコムが製薬・化学企業の研究所向けに提供してきたシステム開発サービスを通じて蓄積したノウハウを活かし、「KNIME」上でChemAxon社製品を利用できるよう連携するとともに、「化学構造を取り扱う基本的な機能(JChem Extensions: Base参照)から化合物の物性計算や各種計算処理機能(JChem Extensions: Option参照)」まで対応する、幅広いノードを実装する特長を有しています。
 また、インフォコムは、同じくChemAxon社の化合物検索エンジンを利用した“Webベース次世代化合物データベース管理システム”「J-STRIKE」の販売を昨年より開始しており、「JChem Extensions」はその「J-STRIKE」とのデータ連携も可能となっています。

 さらに、インフォコムでは、従前より日本での代理店販売・サポートを行っている米国SCHRODIGNER社製品のラインアップに、この春、「KNIME」対応ソリューション(製品名:「SCHRODIGNER Knime Extensions」)が加わる予定があり、「JChem Extensions」に加えて、「SCHRODINGER Knime Extensions」を用いた高性能なワーク・フロー・ソリューションの提供も可能となります。

 尚、インフォコムは、研究支援を目的に、大学ユーザ向けに、「JChem Extensions:Base」の無償提供(サポートなし)を予定しています。
 インフォコムは、「KNIME」を核にしたワーク・フロー・ソリューションを充実させ、より一層、創薬向け計算科学エリアの支援を強化してまいります。

<<製品構成>>
【JChem Extensions:Base】
・IO nodes
「KNIME」プラットフォーム内外へ異なる構造フォーマットファイルの読み・書きするノード群(Import/Export)。
・Converter nodes
「JChem Extensions」のノード群とサード・パーティ・ノード(CDKやSCHRODINGER等)間で“構造Type”を変換させるノード群。
・Viewer Nodes
質の高い構造認識・描写・可視化を実現するノード群。化合物の2次元構造、3次元構造の表記、またPDB内の分子区別情報を残した構造描写も可能。化合物と数値、文字情報をテーブル形式で表示可能。

【JChem Extensions:Option】
・「KNIME」上で読み込んだ化合物群ファイルからの部分構造検索機能
・ChemAxon社JChemCartridgeデータベースシステム連携機能
・ChemAxon社 Standardizer利用機能:構造標準化
・ChemAxon社 Plugin利用機能:物性計算機能(LogP、pka等)
・ChemAxon社 Fragmentor利用機能
・ChemAxon社 RGroupDecomposition 利用機能
・ChemAxon社 LibraryMCS利用機能
※ChemAxon社製品の一部の機能のみに対応するノードもあります。詳細については、カタログを参照いただくか、もしくはインフォコムまでお問い合わせください。
※「JChem Extensions」を利用する場合は、別途該当するChemAxon社製品のライセンスが必要です。
【画像イメージ】

<<稼働環境>>
■KNIMEプログラム「KNIME 1.3.1以降のバージョン」が必要です。
KNIMEホームページ(www.knime.org)より無償ダウンロード可能です。

■KNIMEプラグイン「'knime_chemistry_types_feature' plug-in」が必要です。
KNIMEホームページ(http://www.knime.org/download/features/knime_chemistry_types_feature_1.2.1.zip)より無償ダウンロード可能です。

■ChemAxon社製品ライセンスが必要です。
「JChem Extensions」のノードに応じて、ChemAxon社製品のライセンスが必要です。

【用語解説(50音順)】
※ケムインフォマティクス
低分子化合物の構造・機能・性質に関するデータを有効活用するための一連のアプローチの事。

※ノード
ワーク・フロー型プラットフォームであるKNIME上にて、個々の独立したプログラム。
各ノードは独自の実行役割があり、それぞれのノードを繋いで組み合わせする事により、複数のプログラム処理が一気に可能。

※米国SCHRODIGNER社http://www.schrodinger.com/
高性能な分子設計シミュレーション・ツールである「SCHRODINGER SUITE」を開発提供する米国の会社。日本においてはインフォコムが代理店販売・サポートを実施。

※ワーク・フロー型プラットフォーム
異なるプログラムを同一のプラットフォーム上で操作・実行するためのソリューション。ユーザは、複数の計算プログラムを一つのプラットフォーム上で、プロトコル作成、計算実行、管理が可能。創薬における計算科学においては、ワーク・フロー作成とその利用はパイプラインと呼ぶ事もある。

※CDK
Chemistry Development Kitの略称。ChemoinformaticsとBioinformaticsのためのオープンソースJavaライブラリです。 Windows、Unix、およびMac OSにて利用可能。

※ChemAxonhttp://www.chemaxon.com
創薬研究向けに、ケムインフォマティクス・ソフトウェア開発プラットホームを開発・提供しているハンガリーの会社。

※J-STRIKEhttp://www.infocom.co.jp/bio
インフォコムが提供する「J-STRIKE」は、製薬企業の創薬研究所でのノウハウを凝縮し生まれたまったく新しいWebベース化合物データ管理システム。インフォコムが長年、製薬会社の研究所向けに提供してきたシステム開発サービスを通じて蓄積したノウハウと、世界的に評価の高いChemAxon社の化学構造検索エンジンを組み合わせ製品化しており、研究員の思考にあった使いやすく高機能なWebベース化合物データベースシステム。

※KNIMEhttp://www.knime.org
ドイツのKonstanz大学にて開発され、創薬研究者が視覚的に計算処理のワーク・フローを作成出来るユニット型のデータ探索プラットフォーム。独立したプログラムが実行できる100を越すノード(Node)が用意されており、それらノードを選択して組合せる事により、研究者にとって効率的な計算プロトコルの作成と処理、計算ノート履歴として利用できる。また、無償・オープンソースとして提供されているため、独自ノード組み込みや独自システムとの連携が可能。

※PDB
Protein Data Bankの略称。生体高分子(蛋白質や核酸)の3次元構造座標を蓄積している国際的な公共データベース。PDBの3次元構造データのファイル形式自体をPDB、もしくはPDBファイルと呼ぶ事もある。

<製品・ソリューションに関するお問合せ先>
インフォコム株式会社
フロンティア事業本部ケム&バイオ・インフォマティクス部
東京都千代田区神田駿河台3−11
TEL  :03-3518-3860
E-mail:info-science@infocom.co.jp
URL :http://www.infocom.co.jp/bio
<リリースに関するお問合せ先>
インフォコム株式会社
広報・IR室長 森田 昇
東京都千代田区神田駿河台3-11
Tel  :03-3518-3160
E-mail:pr@infocom.co.jp
URL :http://www.infocom.co.jp/
※本リリースに記載された会社名、サービス名及び製品名等は該当する各社の商標または登録商標です。