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	MacroModel

ソフトウェア

配座解析プログラム

【概要】
MacroModelは米国コロンビア大学のProf. W.Clark Stillらによって開発された分子力学系の分子設計支援システムです。有機低分子から生体高分子まで、幅広く最適化された力場パラメータと他の追随を許さぬ強力な各種配座探索機能をはじめとする多彩な計算手法により、幅広いニーズをサポートする分子設計システムです。単分子の配座探索に加え、受容体活性サイト内でのリガンド分子に注目した配座探索、生体高分子向けの配座探索手法Large Scale Low-Mode等数多くの機能を搭載しております。

●有機低分子から生体高分子まで幅広く対応するMacroModelの力場パラメータ
- MM2*, MM3*, AMBER*, OPLS, AMBER94, MMFF, MMFFs, OPLS_2001, OPLS_2005
●溶媒効果：GB/SA溶媒モデル　（H2O, CHCl3, Octanolに対応）
●構造最適化計算： 6種類のエネルギー最適化アルゴリズムを搭載
●強力な配座探索機能 - Torsional sampling (MCMM), Systematic Torsional sampling (SUMM)
- LowMode sampling, Large Scale LowMode sampling
- Mixed torsional/LowMode sampling, Mixed torsional/Large Scale LowMode sampling

●分子動力学計算： Stochastic Dynamics, Molecular Dynamics
●蛋白質－リガンド間相互作用エネルギー評価機能： eMBrAcE
- Interaction Mode : 蛋白質－リガンド間を構成するエネルギー成分を評価
- Energy Difference Mode : 蛋白質との相互作用によるリガンドのエネルギー変化を計算

【環境】
　PC-Linux: x86 architecture
　　Red Hat Linux 7.3, 9.0 / RHEL 3.0, 4.0, 4.1 / SUSE 9.0 / CentOS 4.0, 4.1
　SGI : MIPS 4 architecture
　　IRIX 6.5.19 or later
　IBM : Power 3 architecture
　　AIX 5.2

フロンティア事業本部　ケム＆バイオ・インフォマティクス部
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