(Top) Docking the ligand from 1TNI back into the protein structure using force field charges results (crystal structure in green, docked ligand in pink).
(Bottom) When docked using charges calculated by QSite, the ligand aligns to the crystal structure with an RMSD of less than half an angstrom (crystal structure in green, docked ligand in blue).
Structure-Based Drug Designにおいて、QM/MM計算プログラムQSiteにより得られる情報を利用することにより、Glideの精度のさらなる向上を可能とするソリューションQM-Polarized Ligand Dockingを提供します。
Glideによる初期ドッキングからQSiteによるリガンド部分の量子計算、そこから得られた電荷情報を利用したGlideによる再ドッキングまで、一連の複数処理を自動化するプログラムを搭載し、1つのパネルからの計算設定および実行を実現しています。
- 【参考文献】
- - Cho, A. E.; Guallar, V.; Berne, B.; Friesner, R. A., "Importance of Accurate Charges in Molecular Docking: Quantum Mechanical/Molecular Mechanical (QM/MM) Approach", J. Comput. Chem. 2005, 26, 915-931.
- 【稼動環境】
* MaestroはLinuxのみ対応Linux： OS RHEL 3.0 or 4.x, SUSE 9.0, SUSE SLED 9 or 10, CentOS 4.x, Red Hat Linux 7.3 or 9.0 Hardware x86-compatible processor, AMD, K6, Athlon, Opteron
創薬分子設計ソリューション SCHRÖDINGER Suite
配座探索プログラム MacroModel
高速量子計算プログラム Jaguar
高速・高精度ドッキングプログラム Glide
結合自由エネルギー計算プログラム Liaison
QM/MM計算プログラム QSite
蛋白質立体構造予測プログラム Prime
Pharmacophore 3D-QSAR解析プログラム Phase
3次元構造自動発生プログラム LigPrep
ADME物性予測計算プログラム QikProp
統計解析・化合物類似性評価プログラム Strike
コンビナトリアルライブラリ自動構築・自動ドッキングプログラム CombiGlide
pKa予測・イオン化モデル自動発生プログラム Epik
蛋白質活性部位予測プログラム SiteMap
蛋白質X線結晶構造精密化プログラム PrimeX
生体分子向けモンテカルロシミュレーションプログラム MCPRO+
SCHRÖDINGER社製品統合インターフェース Maestro
Induced Fitドッキング解析ソリューション Induced Fit Docking
蛋白質-リガンド間ディスクリプタ計算ソリューション Ligand &
Structure-Based Descriptors
QMドッキング解析ソリューション QM-Polarized Ligand Docking
