Primeは蛋白質の立体構造予測（High Homology Modeling、Threading、Refinement）を目的に配列相同性検索、マルチプルアライメント、2次構造予測、3次元構造構築など、数多くの機能を搭載する統合型プログラムです。さらに、Primeの強力なRefinement機能はループ構造や側鎖の配座を高精度に予測します。

また、高速・高精度ドッキング解析プログラムGlideとの組合わせでは、最適な受容体モデルの準備、ドッキングシミュレーション後のリファイメント（Induced Fit）によるドッキング評価など、ドッキングシミュレーションにおける受容体側の問題点を解決する最先端のSBDD環境を提供致します。

Homology model of Estrogen receptor

Homology model of beta-1 adrenergic receptor induced to fit epinephrine

Homology model of tetrameric HERG K+ channel induced to fit Sterfenadine

Comparative (Homology) Modeling/Threading共通部分

読み込み可能なシークエンスファイル形式
　FASTA, EMBL, GENBANK, PIR, PDBファイル等数多くのファイルフォーマットを自動認識
相同タンパク質検索
BLAST/PSI-BLASTに標準対応、外部プログラムの結果もインポート可能
ファミリータンパク質検索
HMMER/Pfam によるファミリータンパク質の検索
　ファミリータンパク質で保存されるアミノ酸配列をテンプレートとのアライメントに優先的に利用可能
二次構造予測
SSPROを標準搭載。2次構造予測プログラムPSIPRED / Prof(King)をPrimeに追加搭載可能。
　その他2次構造予測プログラムの結果もインポート可能

【参考文献】: - Zhu, K.; Shirts, M. R.; Friesner, R. A.; Jacobson, M. P., "Multiscale Optimization of a Truncated Newton Minimizer and Application to Proteins and Protein-Ligand Complexes", J. Chem. Theory Comput., 2007, 3, 640-648.; - Li, X.; Jacobson, M. P.; Zhu, K.; Zhao, S.; Friesner, R. A., "Assignment of Polar States for Protein Amino Acid Residues Using an Interaction Cluster Decomposition Algorithm and its Application to High Resolution Protein Structure Modeling", Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2007, 66, 824-837.; - Rummey, C.; Metz, G., "Homology models of dipeptidyl peptidases 8 and 9 with a focus on loop predictions near the active site", Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2007, 66, 160-171.
【稼動環境】 Linux： OS RHEL 3.0 or 4.x, SUSE 9.0, SUSE SLED 9 or 10, CentOS 4.x, Red Hat Linux 7.3 or 9.0 Hardware x86-compatible processor, AMD, K6, Athlon, Opteron * MaestroはLinux, Windowsのみ対応

Linux：	OS	RHEL 3.0 or 4.x, SUSE 9.0, SUSE SLED 9 or 10, CentOS 4.x, Red Hat Linux 7.3 or 9.0
Linux：	Hardware	x86-compatible processor, AMD, K6, Athlon, Opteron