PrimeXはX線結晶構造解析データを用いて蛋白質立体構造の精密化を行うプログラムです。
Primeのテクノロジーを活用したloop部分のサンプリングやside-chainのフィッティングに加え、ドッキングシミュレーションで高い実績を誇るGlideのテクノロジーを応用したリガンドやco-factorの配置等、多数の機能を搭載した統合的なパッケージとなっています。X線結晶構造解析データから得られた蛋白質立体構造を、SBDDシミュレーションを行う上で最適なモデルへとリファイメントする強力なプログラムとなっております。
- 【稼動環境】
Linux： OS RHEL 3.0 or 4.x, SUSE 9.0, SUSE SLED 9 or 10, CentOS 4.x, Red Hat Linux 7.3 or 9.0 Hardware x86-compatible processor, AMD, K6, Athlon, Opteron
創薬分子設計ソリューション SCHRÖDINGER Suite
配座探索プログラム MacroModel
高速量子計算プログラム Jaguar
高速・高精度ドッキングプログラム Glide
結合自由エネルギー計算プログラム Liaison
QM/MM計算プログラム QSite
蛋白質立体構造予測プログラム Prime
Pharmacophore 3D-QSAR解析プログラム Phase
3次元構造自動発生プログラム LigPrep
ADME物性予測計算プログラム QikProp
統計解析・化合物類似性評価プログラム Strike
コンビナトリアルライブラリ自動構築・自動ドッキングプログラム CombiGlide
pKa予測・イオン化モデル自動発生プログラム Epik
蛋白質活性部位予測プログラム SiteMap
蛋白質X線結晶構造精密化プログラム PrimeX
生体分子向けモンテカルロシミュレーションプログラム MCPRO+
SCHRÖDINGER社製品統合インターフェース Maestro
Induced Fitドッキング解析ソリューション Induced Fit Docking
蛋白質-リガンド間ディスクリプタ計算ソリューション Ligand & Structure-Based
Descriptors
QMドッキング解析ソリューション QM-Polarized Ligand Docking
