PEAKSはタンデム質量分析装置から得られたMS/MSピークリストから、de novoシーケンシングとデータベースサーチを行うソフトウェアです。

現在プロテオーム研究で主流となっているデータベースサーチ機能では、既知タンパク質のデータベースと照らし合わせることによって、サンプル中に含まれるタンパク質や、翻訳後修飾の解析を行うことが出来ます。
一方、de novoシーケンシング機能では、データベースに依存せずに、サンプル中に含まれるターゲットタンパク質のアミノ酸配列や、翻訳後修飾の解析を行うことが出来ます。データベースを必要としないde novoシーケンシングは、未知タンパク質やデータベースが整っていない種のタンパク質、生体内ペプチドや合成ペプチドなどの解析に有効です。
PEAKSは、de novoシーケンシングとデータベースサーチを一つのソフトウェアで使用することが可能なので、これ一つで研究者の様々なニーズに対応が可能です。

de novoシーケンシング結果画面

de novoシーケンシング

MS/MSから得られたイオンの質量をもとに、ペプチドのアミノ酸配列を算出します。データベースは全く使用しませんので、データベースに登録されていない配列の解析も可能です。
手動で行うと非常に面倒なde novoシーケンシングですが、PEAKSではワンクリックでOKです。操作が非常に簡単なうえ、1ペプチドにつきわずか2～3秒で結果が表示されます。また、ハイスペックなコンピュータは必要なく、お手元のノートPCでもお使いになれます。

主な機能

DDP (Double-Dynamic Programming）アルゴリズムを用いて、最適アミノ酸配列を算出
ワンクリックの簡単操作
画期的な計算速度
配列全体のスコアに加え、部分的な配列のスコアを算出
マニュアル操作による配列決定が可能
表示された解析結果はXML、HTML形式で出力可能

データベースサーチ結果画面

データベースサーチ

既知タンパク質がターゲットの場合、データベースサーチ機能で同定を行うことも出来ます。
PEAKSのデータベースサーチは、de novoシーケンシング結果を利用して、あらかじめ候補となるタンパク質を絞り込むため、従来のデータベースサーチソフトウェアでしばしば問題になるFalse Positive（不正解のタンパク質が同定されること）を低く抑えることが出来ます。
PEAKSでは、データベースサーチ結果も管理的に見ることが可能です。例えば、グループタンパク（ファミリータンパク）がまとめて表示されるので、タンパク質としての検索スコアが非常に見やすくなっています。

また、「InChorusデータベースサーチ」機能を使うと、PEAKS独自の検索エンジンだけではなく、Omssa、X!TANDEM、SPIDERなど各種フリー検索エンジン結果との比較も可能です。また、Mascot、Sequest結果との比較も可能です。

読込み可能なデータフォーマット

下記タイプの入力データに対応しています。

PKL形式/RAW形式（Waters/Micromass社装置対応）
DTA形式/RAW形式（Thermo社装置対応）
MGF形式（Shimadzu/Applied Biosystems/Bruker Daltonics/Hitachi社装置対応）
XML形式（Waters/Micromass社）
mzXML形式（Sashimi Project）
mzData形式（HUPO standard）

PEAKSファミリー

PEAKSでは目的により各種パッケージを選ぶことが可能です。

PEAKS Studio

PEAKSのスタンダードタイプ。Auto de novoシーケンシング、Manual de novoシーケンシング、データベースサーチが可能で、操作画面や結果画面はGUIでグラフィカルの表示され操作が簡単です。

PEAKS Online

サーバー＆クライアント型のPEAKS。Auto de novoシーケンシング、データベースサーチが可能で、操作や結果表示にはWebブラウザを用いるためOSに依存しません。マルチCPUに対応しています。

PEAKS Viewer

PEAKS Studioの結果閲覧のためのビューアー。de novoシーケンシングやデータベースサーチなどの解析は不可です。

PEAKS Client

PEAKS Onlineのクライアントソフトウェア。GUIはPEAKS Studioと同じですが、ジョブを実行するのはPEAKS Onlineサーバーで、ジョブを投げたり結果を見ることが可能です。

【参考文献】: 下記ホームページをご参照ください。
http://www.bioinformaticssolutions.com/products/peaks/db_bsipaper.html
【稼動環境】: OS: Windows 2000/XP Professional、MacOS（10.4以降）、Linux; メモリ：1GB以上（1.5GB以上推奨）; ディスク容量：10MB以上推奨; JAVA：JAVA1.5以上対応