Pattern Hunter

Pattern Hunter（パターンハンター）は塩基配列、アミノ酸配列どちらにも使用可能な、配列相同性検索ソフトウェアです。

カナダに本社を置くBioinformatics Solutions Inc.社によって開発・改良された最新鋭の技術である“Spaced Seeds法”を利用しており、高速な検索と高感度な相同性領域検出の両方を実現しています。
検索する配列（query）と、比較対照の配列（subject）に塩基配列、アミノ酸配列のどちらも利用可能で、BLASTn・BLASTp・tBLASTx・BLASTxと同様の検索を1つのプログラムで実現できます。
また、Multiple spaced seeds法を利用することで、Smith-Waterman検索と同等の感度を持つ検索を高速に行うことも可能です。

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Pattern Hunterの機能

Pattern Hunterの特徴

  1. BLASTの100倍以上のスピードでホモロジー検索可能
  2. BLASTより感度が高く、相同性領域の見落としが少ない
  3. Multiple Spaced Seeds法を使用すると、Smith-Waterman検索の検出感度に匹敵する高感度検索が可能
  4. ゲノム-ゲノム間の比較などの大規模検索も可能
  5. siRNAやプライマー、DNAチップなどの短い配列も高感度で検索可能
  6. BLASTと同様のインプット/アウトプットフォーマットを選択可能

Spaced Seeds法とは

代表的なホモロジー検索ソフトウェアであるBLASTでは相同性領域を検出する過程において、まずはじめに11塩基連続して一致する領域を検出します。
これに対して、Pattern HunterのSpaced Seeds法では、18塩基中に特定の位置の11塩基が一致する領域を検出します。
この、必ず一致しなければいけない塩基の位置、必ずしも一致しなくてもよい塩基の位置は、実験により導き出された最適なパターンが使用されています。このパターンは標準で16種類用意されており、組み合わせることによってSmith-Watermanアルゴリズムと同等の感度を実現することが可能です。

高速計算を可能にしたPattern Hunter

製品イメージ

Pattern HunterはBLASTを上回る速度での検索が可能です。International Mouse Genome Sequence Consortiumにおいて、マウスゲノムとヒトゲノムを比較した相同性領域の検索を行った際、BLAST（megablast）では20CPU-年かかる計算（1CPU-年は、１CPUで1年かかる計算速度）を20CPU-日で実現しました。
（Nature,420(6915):520-522.December2002）

【参考文献】
- Bioinformatics, 18(3):440-445, 2002; Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2004
- Bioinformatics, 18(3):440-445, 2002
【稼動環境】
Java VM (Java Virtual Machine）を組み込み済みのコンピュータ
対応しているJava VMメモリ上限は以下の通りです
・Windows XP/2000：Sun VMs2G
・Linux for X86 Sun and IBM VMｓ：2G

DNA/RNA/タンパク質配列解析システム　CLC bio Bioinformatics Solution

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