AriadneGenomics社のPathwayStudio（旧PathwayAssist）は、PubMedなどの膨大な科学文献から制御パスウェイ、リガンド-レセプター情報、タンパク質間相互作用等の情報を独自の自然言語処理技術により抽出・可視化するパスウェイ解析およびテキストマイニングソフトウェアです。プログラムが情報を抽出するため、客観的かつ網羅的に情報を収集することができます。更に、複数のユーザーの管理やクライアント-サーバー型での運用が可能なタイプもご提供しております。
発現値と細胞内局在を反映させたパスウェイ表示
MedScanによる構文解析（ハイライト部：構文解析対象文）
ResNet：データベース
- 1400万件のPubMedアブストラクトを解析した情報を収録
- 哺乳類（ヒト、マウス、ラット）タンパク質10万件以上
- 疾患情報 2000以上
- 薬剤、生体内低分子 5万件
- 相互作用情報 120万件以上
- 約700種のマニュアルキュレーションパスウェイも収録
- 同義語、細胞内局在、各種公的データベースへのハイパーリンク情報収録
- ユーザー独自の情報やKEGG、BIND、DIPなどの外部データベースからの情報を読み込み可能
MedScan：自然言語処理技術
- 文章中の遺伝子/タンパク質/疾患などの科学用語に着目/構文解析することで相互作用情報を抽出。
- 解析は、インターネットを介し最新のPubMedアブストラクトの構文解析も可能
- ユーザー独自のテキスト文書に対しての構文解析も可能
- 解析によって得られたパスウェイ情報をResNetデータベースに情報への情報追加も可能
- 科学用語を多く収録した辞書を搭載しており、科学文献からの高い情報回収率を実現
- 哺乳類だけではなく、植物パスウェイ解析用データベース『ResNet Plant』も標準搭載
パスウェイ解析機能
- タンパク質機能、低分子、疾患などノードに収められた情報に合わせたフィルタリング機能
- 細胞内局在やシグナルカスケードを反映させたパスウェイ表示
- 相互作用情報として引用されている論文数を反映させたパスウェイ表示
- 解析したパスウェイをHTMLファイルやリストで出力可能
- DNAアレイ、２D-PAGEなどの発現情報の読み込み、パスウェイへの可視化
- 年4回のバージョンアップ（データベースの更新も含みます）。
- 【参考文献】
- こちらのサイトをご覧ください。
- 【稼動環境】
- デスクトップ
- CPU: Pentium 4 2.0GHz以上
- RAM：1GB以上
- HDD：15GB以上
- OS： Windows 2000 / XP/ Vista
- サーバー(複数のユーザーの管理やクライアント-サーバー型での運用の場合のみ必要です)
- CPU: Pentium 4 3.0GHz以上
- RAM：2.0GB以上
- HDD：20GB以上
- OS： Windows 2000 / XP Professional / 2003 server
論文精読型パスウェイツール MetaCore
薬物代謝・毒性関連パスウェイツール MetaDrugTM
パスウェイ/薬剤代謝予測ツール MetaCore/MetaDrug Discovery Platform