MicrobiotaProfilerは、微生物群集解析に有用な手法の一つである、「T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism）法」から得られたデータを効率よく解析するためのソフトウェアです。
MicrobiotaProfilerは、独立行政法人理化学研究所バイオリソースセンター微生物材料開発室の辨野義己室長らとの共同開発により開発されました。
MicrobiotaProfilerの主な特徴
実験データの解析
T-RFLPデータの取り込みからクラスタリングまでを容易に実行
- 入力データ形式
- 波形データ
- CSV形式
- データ編集
- ピーク追加・削除等の編集機能
- ピークフィルタ機能
- データ解析
- 階層型クラスタリング
- デンドログラム描画
in silico解析
既知の塩基配列データを使って、シミュレーションが可能です。
- 配列データ取得
- in silico解析
- T-RFLPシミュレーション
- 候補微生物の絞込み
- 外部情報の取得
- Taxonomy、PubMedなど外部情報へのリンク
系統解析
16SrDNA塩基配列による系統樹描画が可能です。
- 相同性検索
- BLAST
- マルチプルアラインメント
- clustalw
- クラスタリング
- デンドログラム描画
- 【参考文献】
- - Andoh A, Sakata S, Koizumi Y, Mitsuyama K, Fujiyama Y, Benno Y. Terminal restriction fragment length polymorphism analysis of the diversity of fecal microbiota in patients with ulcerative colitis.Inflamm Bowel Dis. 2007 Apr 23; [Epub ahead of print]
- 【稼動環境】
- OS: Windows 2000/XP
- その他：1GB以上メモリ、1GB以上ハードディスク空き容量
