米国GeneGo社のMetaCoreは、タンパク質間相互作用、タンパク質-低分子(薬剤/生体内低分子)相互作用、GPCR、転写因子、代謝経路情報を収録したパスウェイ解析ツールです。
データは、専門家による文献精読で収集しているので非常に信頼性の高い情報を提供することが可能です。
更に、マイクロアレイ、プロテオミクスなど実験データを利用したパスウェイ解析も可能です。
カノニカルパスウェイ"Map"
細胞内局在情報の可視化と疾患情報を利用したフィルタリング
疾患や細胞プロセスに対する検定
データベース
- ヒト遺伝子3万6千件以上、ヒトタンパク質1万8千件以上
- 転写制御因子 920以上
- 薬剤、生体内低分子 68万件(GVK Bio情報収録)
- 構造式(Molファイルでダウンロード可能)
- FDA承認薬994件、薬剤/低分子カテゴリー情報
- 薬物間相互作用情報
- 毒性、ADME実験での活性値情報(論文ベース)
- 代謝
- カノニカルパスウェイ"Map" (総説論文ベースの信頼性の高いパスウェイ)
- 470種以上のシグナル伝達、細胞周期関連
- 220種以上の代謝パスウェイ
- 疾患情報
- Mesh、OMIMなど公的ソースをベースにした疾患情報
- GeneGo社独自の疾患パスウェイ
- マウス、ラット、チンパンジー、酵母、線虫などモデル生物10種のオーソログ情報を収録
- マウス/ラット独自の相互作用/論文情報を収録したMetaRodentsもリリース(別途オプション)
- 各分子に対し局在特異的な収録(臓器、細胞内局在)
パスウェイ解析機能
- 注目する遺伝子/タンパク質/低分子などからの情報検索およびパスウェイ構築
- ベーシックなパスウェイ構築アルゴリズムに加え、遺伝子/タンパク質リストからパスウェイの自動作成とランキングを行うAnalysis Network機能を搭載(転写因子、レセプター解析に特化したアルゴリズムも搭載)
- 疾患、臓器別遺伝子発現部位、細胞内局在、相互作用種、分子種、オーソログ情報を利用したパスウェイ解析
- Affymetrix/Agilentアレイデータ、プロテオミクスデータ、メタボロミクスデータ、SAGEの取り込みとパスウェイ上への可視化
- 大量の遺伝子/タンパク質データから疾患や細胞プロセスに対する有意差を検定
- GeneSpringGXTM, SpotFireTM, Rosetta ResolverTM, MDL DiscoveryGateTM,Cytoscapeと連携
- 【参考文献】
- こちらのサイトをご覧ください。
- 【稼動環境】
- ウェブアクセス版およびインハウス版をご用意しております。
・ クライアント (ウェブアクセス版、インハウス版)
●Windows 2000,XP,Vista- - Internet Explorer 6.0以上
- 無償ソフトウェアAdobe Flash (MX)プラグイン
version 9以上
- CPU:Pentium4(2.0GHz以上) RAM:256 MB以上
- ●Mac OSX
- - FireFox 2.0.0.11以上
- CPU:2.0GHz以上 RAM:256 MB以上
・ サーバー (インハウス版)
2CPU以上 (Dual Xeon) RAM: 2GB以上推奨
SCSI HDD推奨
OS: Red Hat Enterprise Linux 2.1, 3.0,4.0 (32bit edition)あるいはRed Hat 9
Oracle 9.2.0.4
HDD:40GB以上の空き容量
パスウェイツール/自然言語処理テキストマイニングエンジン PathwayStudio
薬物代謝・毒性関連パスウェイツール MetaDrugTM
パスウェイ/薬剤代謝予測ツール MetaCore/MetaDrug Discovery Platform
