米国GeneGo社のMetaCore/MetaDrug Discovery Platformは、同社が開発しているMetaCoreとMetaDrugを統合したプラットフォームです。
薬剤代謝物予測、QSARモデルによる予測代謝物のセレクション、パスウェイ構築を統合解析することで薬剤ターゲット候補の選出から代謝物/副作用メカニズムの予測まで創薬のいかなる段階もサポートいたします。
更に、DNAマイクロアレイ/プロテオームデータ、化合物構造、SMILESストリング、CAS番号、組成式など各種データにも対応しているので、お手持ちの実験データや知見を構築したパスウェイに反映させる事も可能です。
薬剤から予測された代謝物
薬剤、予測代謝物との相互作用が推定されたタンパク質
予測されたターゲットに関する情報
毒性情報に基づいた検定
薬剤、予測代謝物との相互作用が推定されたタンパク質群を利用したパスウェイ構築
データベース
ヒト遺伝子3万9千件以上、ヒトタンパク質1万9千件以上
転写制御因子 920以上
相互作用 20種類(薬物毒性作用、miRNA結合情報も収録)
薬剤、生体内低分子 68万件以上(GVK Bio情報収録)
- 構造式(Molファイルでダウンロード可能)
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FDA承認薬994件、薬剤/低分子カテゴリー情報
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薬物間相互作用情報
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毒性、ADME実験での活性値情報(論文ベース)
代謝
カノニカルパスウェイ"Map"(総説論文ベースの信頼性の高いパスウェイ)
- 470種以上のシグナル伝達、細胞周期関連
- 220種以上の代謝パスウェイ
疾患情報
- Mesh、OMIMなど公的ソースをベースにした疾患情報
- GeneGo社独自の疾患パスウェイ
マウス、ラット、チンパンジー、酵母、線虫、シロイヌナズナなどモデル生物18種のオーソログ情報を収録
マウス/ラット独自の相互作用/論文情報を収録したMetaRodentsもリリース(別途オプション)
各分子に対し局在特異的な収録(臓器、細胞内局在)
GeneGo社独自の『毒性』パスウェイ情報を収録
化合物構造に基づいた予測機能
- 75種以上のヒトでの第一相/第二相代謝反応ルールに基づいた代謝物の予測
- 二次代謝物の自動解析も可能
- 文献情報に基づいた代謝物の優先順位付け
- QSARモデルによる各物性予測、ユーザー独自のモデルも搭載可能
- 予測した代謝物の物性値によるフィルタリング
- MS Excelやテキストへの物性値の出力
- データベース内の既存化合物に対し部分構造検索及び類似構造検索可能
パスウェイ解析機能
- 注目する遺伝子/タンパク質/低分子などからの情報検索およびパスウェイ構築
- ベーシックなパスウェイ構築アルゴリズムに加え、遺伝子/タンパク質リストからパスウェイの自動作成とランキングを行うAnalysis Network機能を搭載(転写因子、レセプター解析に特化したアルゴリズムも搭載)
- 疾患、臓器別遺伝子発現部位、細胞内局在、相互作用種、分子種、オーソログ情報を利用したパスウェイ解析
- Affymetrix/Agilent/Illuminaアレイデータ、プロテオミクスデータ、メタボロミクスデータ、SAGEの取り込みとパスウェイ上への可視化
- 大量のマイクロアレイ、遺伝子/タンパク質データから各種パスウェイ(疾患、細胞プロセス、毒性、代謝)に対する有意差を検定
- GeneSpringGXTM, SpotFireTM, Rosetta ResolverTM, MDL DiscoveryGateTM,Cytoscapeと連携
- 【参考文献】
- こちらのサイトをご覧ください。
- 【稼動環境】
- クライアント (ウェブアクセス版、インハウス版)
- Internet Explorer 6.0以上
- 無償ソフトウェアAdobe Flash (MX)プラグイン
- CPU:Pentium4(2.0GHz以上) RAM:256 MB以上
- サーバー (インハウス版)
- 2CPU以上 (3.2 GHz CPU 以上)RAM: 4GB以上推奨
- SCSI HDD推奨
- OS: Red Hat Enterprise Linux 2.1, 3.0,4.0 (32bit edition)あるいはRed Hat 9
- Oracle 9.2.0.4 もしくは10.2
- HDD:100GB以上の空き容量
薬物代謝・毒性関連パスウェイツール MetaDrugTM
薬物代謝・毒性関連パスウェイツール MetaCore
