LigPrepは2次元の分子構造（MDL SDファイルなど）から3次元構造を自動発生するプログラムです。
2次元から3次元(All atom type)への変換はもちろんのこと、塩の除去、鏡像異性体や、Tautomer（互変異性体）の自動発生、条件指定（pH等）によるイオン化モデルの自動発生、MW、H-Bond donor/acceptor, 回転角数などの条件指定による構造DBからの自動抽出など、数多くの機能を搭載しております。
また、計算エンジンとしてMacroModelのBatchMinを搭載、MMFFsもしくはOPLS2005力場による構造最適化計算のバッチ処理、さらにはBatchMinの配座探索機能を利用して、安定配座を創出することも可能です。Glide、QikPropなどを利用したライブラリースクリーニングでは、条件に合せた Multi State なリガンドモデルを必要とします。まさに、LigPrepはユーザのニーズに合せ、修飾・最適化された3次元立体構造を自動的に発生することが可能な次世代の2D>3Dコンバーターです。
- 【稼動環境】
* MaestroはLinux, Windowsのみ対応Linux： OS RHEL 3.0 or 4.x, SUSE 9.0, SUSE SLED 9 or 10, CentOS 4.x, Red Hat Linux 7.3 or 9.0 Hardware x86-compatible processor, AMD, K6, Athlon, Opteron Windows: OS Windows XP (Home or Pro version), Windows 2000 SP4 with Update Rollup 1
創薬分子設計ソリューション SCHRÖDINGER Suite
配座探索プログラム MacroModel
高速量子計算プログラム Jaguar
高速・高精度ドッキングプログラム Glide
結合自由エネルギー計算プログラム Liaison
QM/MM計算プログラム QSite
蛋白質立体構造予測プログラム Prime
Pharmacophore 3D-QSAR解析プログラム Phase
3次元構造自動発生プログラム LigPrep
ADME物性予測計算プログラム QikProp
統計解析・化合物類似性評価プログラム Strike
コンビナトリアルライブラリ自動構築・自動ドッキングプログラム CombiGlide
pKa予測・イオン化モデル自動発生プログラム Epik
蛋白質活性部位予測プログラム SiteMap
蛋白質X線結晶構造精密化プログラム PrimeX
生体分子向けモンテカルロシミュレーションプログラム MCPRO+
SCHRÖDINGER社製品統合インターフェース Maestro
Induced Fitドッキング解析ソリューション Induced Fit Docking
蛋白質-リガンド間ディスクリプタ計算ソリューション Ligand &
Structure-Based Descriptors
QMドッキング解析ソリューション QM-Polarized Ligand Docking
