Liaison

AqvistやJorgensenらのLinear Response法に基づいたシミュレーションプログラムです。

リガンド-レセプタ間の結合自由エネルギーを短時間かつ高精度に評価できる新しいシミュレーションツールです。

製品イメージ

MKC-442, a non-nucleoside inhibitor in clinical trials for the treatment of HIV/AIDS binding to the HIV-1RT active site.

【参考文献】
- Cochran, S.; Li, C.P.; Bytheway, I., "An Experimental and Molecular-Modeling Study of the Binding of Linked Sulfated Tetracyclitols to FGF-1 and FGF-2", ChemBioChem, 2005, 6, 1882-1890.
- Singh, P.; Mhaka, A. M.; Christensen, S. B.; Gray, J. J.; Denmeade, S. R.; Isaacs, J. T., "Applying Linear Interaction Energy Method for Rational Design of Noncompetitive Allosteric Inhibitors of the Sarco- and Endoplasmic Reticulum Calcium-ATPase", J. Med. Chem., 2005, 48, 3005-3014.
- Tounge, B. A.; Reynolds, C. H., "Calculation of the Binding Affinity of Β-Secretase Inhibitors Using the Linear Interaction Energy Method", J. Med. Chem., 2003, 46, 2074-2082.
【稼動環境】
Linux: OS RHEL 3.0 or 4.x, SUSE 9.0, SUSE SLED 9 or 10, CentOS 4.x, Red Hat Linux 7.3 or 9.0
Hardware x86-compatible processor, AMD, K6, Athlon, Opteron
* MaestroはLinux, Windowsのみ対応 

創薬分子設計ソリューション SCHRÖDINGER Suite
配座探索プログラム MacroModel
高速量子計算プログラム Jaguar
高速・高精度ドッキングプログラム Glide
結合自由エネルギー計算プログラム Liaison
QM/MM計算プログラム QSite
蛋白質立体構造予測プログラム Prime
Pharmacophore 3D-QSAR解析プログラム Phase
3次元構造自動発生プログラム  LigPrep
ADME物性予測計算プログラム QikProp
統計解析・化合物類似性評価プログラム Strike
コンビナトリアルライブラリ自動構築・自動ドッキングプログラム CombiGlide
pKa予測・イオン化モデル自動発生プログラム Epik
蛋白質活性部位予測プログラム SiteMap
蛋白質X線結晶構造精密化プログラム PrimeX
生体分子向けモンテカルロシミュレーションプログラム MCPRO+
SCHRÖDINGER社製品統合インターフェース Maestro
Induced Fitドッキング解析ソリューション Induced Fit Docking
蛋白質-リガンド間ディスクリプタ計算ソリューション Ligand & Structure-Based Descriptors
QMドッキング解析ソリューション QM-Polarized Ligand Docking

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