JChemExtensions

ノード構成表

JChem Extensions: Base
Extension	Node
Converter	MrvConverter
	MrvToMol2Converter
	MrvToPdbConverter
	MrvToSdfConverter
	MrvToSmilesConverter
	MrvToStringConverter
IO	MarvinSketch
	MolExporter
	MolImporter
	PdbImporter
Visualizer	MarvinSpace
	MarvinTable
	MarvinView
JChem Extensions :Option
Extension	Node
Database	JChemCartridge
	JChemManager
	JChemSearch
	JChemUpdata
Manipulator	Calculator Plug-ins	Partitioning	LogD
			LogP
		Protonation	IsoelectricPoint
			MajorMicrospecies
			pKa
		Elemental Analysis
		IUPAC Name
	ChemicalTerms
	LibraryMCS
	MolSearch
	RGroupDecomposition
	Standardizer

*ChemAxon社製品の一部の機能のみに対応するノードもあります。詳細については、カタログを参照いただくか、もしくはインフォコムまでお問い合わせください。
*JChem Extensionsを利用する場合は、別途該当するChemAxon社製品のライセンスが必要です。

提供ノードと機能

Base
Converter Extension
JChemExtensionsとCDK、SCHRÖDINGER等のサードパーティとのノード間で化学構造が取り扱えるように"Molecule Data Type"変換を行うノード群。JChemExtensionsの世界からサードパーティ・ノードへ化合物構造を渡すには、そのサードパーティが認識できる"Molecule Data Type"に変更させる必要があります。JChemExtensionsを含め、各サードパーティは独自に化合物構造認識する"Molecule Data Type"を定めています。
	MrvConverter サードパーティ・ノードの"Molecule Data Type"をJChemExtensionsノードで利用可能なTypeに変換します。"Mol2"、"PDB"、"SDF","SMILES"等の"Molecule Data Type"をMrvCellに変換します。
	MrvToMol2Converter Mol2を"Molecule Data Type"として扱うサードパーティ・ノード用に、JChemExtensionsの"Molecule Data Type"である"MrvCell"を"Mol2Cell"に変換します。
	MrvToPdbConverter PDBを"Molecule Data Type"として扱うサードパーティ・ノード用に、JChemExtensionsの"Molecule Data Type"である"MrvCell"を"PdbCell"に変換します。
	MrvToSdfConverter SDFを"Molecule Data Type"として扱うサードパーティ・ノード用に、JChemExtensionsの"Molecule Data Type"である"MrvCell"を"SdfCell"に変換します。
	MrvToSmilesConverter SMILESを"Molecule Data Type"として扱うサードパーティ・ノード用に、JChemExtensionsの"Molecule Data Type"である"MrvCell"を"SmilesCell"に変換します。
	MrvToStringConverter Stringを"Molecule Data Type"として扱うサードパーティ・ノード用に、JChemExtensionsの"Molecule Data Type"である"MrvCell"を"StringCell"に変換します。

IO Extension
化合物構造ファイルのインポートとエクスポート、それにKnime上で直接化合物構造を描写が可能なノード群。Converterノード群は、Knime上でサードパーティ間の"Molecule Data Type"との互換する役割である一方、IOのMolImporter、MolExporterは直接Cドライブや任意のディスクに保存してある構造ファイル（MOLやSDFファイル等）をインポート、エクスポートします。構造ファイルがない場合は、Knime上で描画することも可能です。
	MarvinSketch Knime上で化合物構造、検索用の構造部位、反応構造の描写が可能。描画したMoleculeDataTypeは"MrvCell"。
	MolExporter JChemExtension上の化合物を各種フォーマットにエクスポート可能。 "sdf", "mol", "smiles", "smarts", "pdb", "pov", "rdf", "sybyl"," xyz", "cube", "inchi"等に対応。
	MolImporter 外部化合物ファイルをKnime上にインポート可能。インポートされた化合物構造のMoleculeDataTypeは"MrvCell"。"mol", "sdf", "rdf", "smiles", "cxsmiles", "pdb", "xyz", "csmol", "csrgf", "cssdf", "csrdf", "cml", "mrv"等に対応。また、MolImporterは圧縮されたzipや構造をコード化したbase64にも対応。（PDBファイルは複合体情報の読み出しが不可）
	PdbImporter 外部PDBファイルをJChem Extensionsで利用できるようにインポート。 PDBファイル内の複合体情報をそのままMarvinSpaceで利用することが可能。
Visualizer Extension
Knime上でChemAxon社ツールを利用し、質の高い構造可視化を実現するためのノード群。
	MarvinSpace Knime上でMarvinSpaceを利用し、化合物を3次元で可視化。
	MarvinTable 化合物構造と文字・数値（物性や活性情報）をテーブル形式で表示。
	MarvinView Knime上でMarvinViewを利用し、化合物を2次元で可視化。

Option
Database Extension
Knimeからリレーショナル・データベースに接続し、化合物情報のやり取りを行うノード群。
	JChemCartridge JChemCartridge for Oracleにあるデータから構造検索が可直接能（完全一致、部分構造、類似検索）。Oracle側にて検索。
	JChemManager Knime上からJDBCを使用しリレーショナル・データベースに接続可能（MS Access, MySQL, etc.）。
	JChemSearch JChemManagerで連携させたリレーショナル・データベースの構造テーブルにて構造検索が可能。Knime上にて検索。
	JChemUpdata リレーショナル・データベースの構造テーブルへ、化合物構造をアップデートすることが可能（MS Access, MySQL, etc.）。
Manipulator Extension
ChemAxon社が開発する化合物検索ツール及び各種計算・解析ツール利用が可能なノード群。
	LogD ChemAxon社Plug-in ツールのLogD計算が可能。
	LogP JChemAxon社Plug-in ツールのLogP計算が可能。
	IsoelectricPoint ChemAxon社Plug-in ツールのIsoelectricPoint計算が可能。
	MajorMicrospecies ChemAxon社Plug-in ツールのMajorMicrospecies計算が可能。
	pKa ChemAxon社Plug-in ツールのpKa計算が可能。
	Elemental Analysis ChemAxon社Plug-in ツールから化合物の基本的な要素を計算（Mass, Exact Mass, Formula, Isotope formula,　Dot-disconnect formula, Composition, Isotope CompositionAtomCount）。
	IUPAC Name ChemAxon社Plug-in ツールのIUPAC機能。
	ChemicalTerms ChemAxon社が用意するPlug-inツールや物性計算プログラムの計算が可能。各計算を組み合わせた式を作成することも可能。
	Fragmenter 一化合物内に含まれる部分構造をルールに則りフラグメント化。フラグメント化のルールは、別ファイルにて管理。
	LibraryMCS ChemAxon社のMCSの一部機能が利用可能
	MolSearch Knime上で2次元構造検索（部分構造)が可能
	RGroup Decomposition ChemAxon社RGroupDecomposition ツールの一部機能を利用可能。任意のスキャフォルドに対してRグループを指定し、該当するR位置の部分構造を発生。
	Standardizer ChemAxon社Standardizerを利用可能。化合物構造を標準化（ベンゼン環のアロマタイズ化、塩の除去、構造の最適化等）。

稼働環境

JChem Extensionsは、KNIMEが稼動できる環境に合わせて構築されております。最新のKNIMEについては、KNIMEホームページを参照ください。
JChem Extensionsを利用するうえで基本的な稼動環境・条件は以下の通りです。

KNIMEプログラム KNIME
　 KNIME 1.3.1 or later
KNIMEプラグイン KNIME Chemistry Extension
　 'knime_chemistry_types_feature' plug-in
ChemAxon社製品ライセンス
　JChem Extensionsのノードに応じてChemAxon社製品のライセンスが必要です(要問合せ)。

評価版及びアカデミック版ダウンロード

全製品評価版をダウンロードできます。（アカデミックパッケージはこちら)
評価版利用には、評価版用のライセンスが必要です。プログラムのダウンロード後、ライセンスをご請求下さい。

評価版ダウンロード評価版ライセンス請求

※評価ライセンス請求方法：以下問い合わせ先に必要情報を記入したメールをお送りください。
※確認後、最大2ヶ月利用可能なライセンスを発行します。

【お問い合わせ先】（評価版の受付は電子メールのみとなっております）

info-science@infocom.co.jp
インフォコム株式会社
JChem Extensions 評価ライセンス担当

【ライセンス発行に必要な利用者情報】

１．所属名
２．所属先住所
３．氏名
４．氏名（よみがな）
５．電子メールアドレス　*所属先ドメインが必要となります。
６．所属先電話番号

※ライセンス発行に必要な利用者情報の記載が不十分であった場合、ライセンス発行が出来ないことがございますので、6項目をご確認のうえご連絡ください。
※利用者情報において、ご不明な箇所がある場合、その他ご質問、ご不明な点がございましたら、お問い合わせください。
※当社の個人情報保護方針

JChem Extensionsアカデミック・パッケージ
　JChem Extensionsアカデミック・パッケージのご案内をご確認ください。
　

尚、インフォコムは、研究支援を目的に、大学ユーザ向けに、“JChem Extensions: US"Base”の無償提供（サポートなし）を予定しています。