Glideは標的タンパク質の活性サイトに対するHigh Throughput Flexible Molecular Dockingプログラムです。
活性サイト内でのリガンドの位置や方向性を階層的にフィルタリングすることでリガンド-レセプター間のドッキング状態の探索および評価を高速かつ高精度に実現します。 また、タンパク質立体構造予測プログラムPrimeと組合わせることにより、リガンドの網羅的な結合モード探索とその結合状態により誘導される活性サイトでの構造変化を高精度に予測することが可能となります。
The LY-326315 ligand is shown docked in the active site of the human estrogen receptor. Maestro indicates favorable ligand-receptor interactions via dashed lines.
Glide offers the full solution for virtual screening from HTVS to SP to XP. The size of the dataset that needs to be studied at each level of accuracy is approximately an order of magnitude smaller than that of the previous, faster step.
活性サイトの指定
- 既知の結合状態のリガンド中心を利用
- タンパク質側の複数残基による指定および空間座標からの指定も可能
標的タンパク質に対する複数リガンドシミュレーション
- Maestro, MDL-SD, PDBファイルに対応
拘束条件の指定
- 水素結合、金属、疎水性相互作用、空間位置等、特定部位との相互作用を拘束することが可能
- 複数の拘束条件に対して、AND/ORで組合せを指定した上でのシミュレーションが可能
- SMARTS形式によるリガンド部分構造のフィルタリング
高精度のHigh Throughput Flexible Molecular Dockingシミュレーション
- リガンドの二面角回転による網羅的な配座異性体の発生
- 階層的フィルタリングによる計算の劇的なスピードアップを実現
様々な速度・精度でのシミュレーションを可能にする複数の探索モード
- 通常のStandard Precision(SP)モードに加え、10倍のスピードアップを実現したHigh Throughput Virtual Screening (HTVS)モード、探索サンプリング法の拡張や溶媒効果を導入したeXtra Precision(XP)モードを搭載
- HTVS, SP, XPとシミュレーションを行うことで大量なリガンドを順次絞込み、徐々に精度を向上させていくことが可能
Similarity Scoring機能
- 既知活性・非活性化合物情報を基にスコア関数を最適化
ドッキング評価機能
- GlideScore, EModelによる高精度な評価を実現
ジョブ分散機能
- 大量リガンドに対する計算を複数CPUに分散可能
- DQS, LFS, PBS, SGE等のキューイングシステムに対応
Glide Pose Viewerによるシミュレーション結果表示
- ドッキング結果を参照する独自のパネルを搭載
- 水素結合および隣接基関与に関する評価
- レセプターに対するリガンドの結合親和性ランキング
- 【参考文献】
- - Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Repasky, M. P.; Frye, L. L.; Greenwood, J. R.; Halgren,T. A.; Sanschagrin, P. C.; Mainz, D. T., "Extra Precision Glide: Docking and Scoring Incorporating a Model of Hydrophobic Enclosure for Protein-Ligand Complexes", J. Med. Chem., 2006, 49, 6177 - 6196.
- - Lyne, P. D.; Lamb, M. L.; Saeh, J. C., "Accurate Prediction of the Relative Potencies of Members of a Series of Kinase Inhibitors Using Molecular Docking and MM-GBSA Scoring", J. Med. Chem., 2006, 49, 4805-4808.
- - Kim, K. W.; Wang, Z.; Busby, J.; Tsuruda, T.; Chen, M.; Hale, C.; Castro, V. M.; Svensson, S.; Nybo, R.; Xiong, F.; Wang, M., "The role of tyrosine 177 in human 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 in substrate and inhibitor binding: an unlikely hydrogen bond donor for the substrate", Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics, 2006, 1764, 824-830.
- - Cho, A. E.; Guallar, V.; Berne, B.; Friesner, R. A., "Importance of Accurate Charges in Molecular Docking: Quantum Mechanical/Molecular Mechanical (QM/MM) Approach", J. Comput. Chem., 2005, 26, 915-931.
- - Krovat, E. M.; Steindl, T.; Langer, T., "Recent Advances in Docking and Scoring", Current Computer-Aided Drug Design, 2005, 1, 93-102.
- - Kontoyianni, M.; Sokol, G. S.; McClellan, L.M., "Evaluation of library ranking efficacy in virtual screening", J. Comput. Chem., 2005, 26, 11-22.
- - Lyne, P. D.; Lamb, M. L.; Saeh, J. C., "Accurate Prediction of the Relative Potencies of Members of a Series of Kinase Inhibitors Using Molecular Docking and MM-GBSA Scoring", J. Med. Chem., 2006, 49, 4805-4808.
- 【稼動環境】
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* MaestroはLinux, Windowsのみ対応Linux： OS RHEL 3.0 or 4.x, SUSE 9.0, SUSE SLED 9 or 10, CentOS 4.x, Red Hat Linux 7.3 or 9.0 Hardware x86-compatible processor, AMD, K6, Athlon, Opteron Windows: OS Windows XP (Home or Pro version), Windows 2000 SP4 with Update Rollup 1
創薬分子設計ソリューション SCHRÖDINGER Suite
配座探索プログラム MacroModel
高速量子計算プログラム Jaguar
高速・高精度ドッキングプログラム Glide
結合自由エネルギー計算プログラム Liaison
QM/MM計算プログラム QSite
蛋白質立体構造予測プログラム Prime
Pharmacophore 3D-QSAR解析プログラム Phase
3次元構造自動発生プログラム LigPrep
ADME物性予測計算プログラム QikProp
統計解析・化合物類似性評価プログラム Strike
コンビナトリアルライブラリ自動構築・自動ドッキングプログラム CombiGlide
pKa予測・イオン化モデル自動発生プログラム Epik
蛋白質活性部位予測プログラム SiteMap
蛋白質X線結晶構造精密化プログラム PrimeX
生体分子向けモンテカルロシミュレーションプログラム MCPRO+
SCHRÖDINGER社製品統合インターフェース Maestro
Induced Fitドッキング解析ソリューション Induced Fit Docking
蛋白質-リガンド間ディスクリプタ計算ソリューション Ligand & Structure-Based
Descriptors
QMドッキング解析ソリューション QM-Polarized Ligand Docking
