CLC bio Bioinformatics Solutionは、CLC bio社にて開発された配列解析用ソフトや高速配列解析用システムです。本ソリューションは、Windows、Mac、Linuxで稼動するため幅広い環境に対応したものとなっております。
CLC Bioinformatics Cube
CLC Bioinformatics Cell
プライマーデザイン
波形データのアセンブル
RNAの二次構造予測
タンパク質3次元構造の可視化
αへリックス、βシートの予測
CLC bio Bioinformatics Cube / Cell
CLC Bioinformatics Cube / Cellは、PCに小型のシステムをUSB接続するだけで、 高品質かつ高速な解析を実現するハードウェアアクセラレーターです。高価なコンピュータクラスターに代わる、リーズナブルな配列解析システムです。また、これらのアクセラレーターは、各種ソフトウェア（Workbench）に対応しています。(multiple processors や CoreDuoをご利用中のお客様には、これらのCPUの解析速度を大幅に向上させる CLC Bioinformatics Cellをお勧めいたします)
CLC Free Workbench
CLC Free Workbenchは、配列解析用の基本機能を搭載した『無償』配列解析ソフトウェアです。 こちらのサイトからダウンロードが可能です。
- DNA、RNA、タンパク質配列の可視化（DNAからRNAやタンパク質への配列変換機能も搭載）
- NCBIへの配列検索機能
- Neighbor-joiningとUPGMAによる系統樹解析
- ORF予測、制限酵素切断領域解析機能
CLC DNA Workbench
CLC DNA Workbenchは、CLC Free Workbenchの機能に、プライマーデザイン、配列コンティング/アセンブル、クローニング用ベクターデザインなどのDNA配列解析用の機能を追加したソフトウェアです。
- 指定したTmや塩基数に応じたプライマーデザイン
- 波形データの読み込みと自動アセンブル/トリミング機能
- ドットプロットによる配列解析
- 配列中に存在する特定のパターン及びユーザー指定のモチーフ配列の検索
- 制限酵素による配列切断後の電気泳動シミュレーション
CLC RNA Workbench
CLC RNA Workbenchは、CLC Free Workbenchの機能に、RNAの二次構造予測機能が搭載されたソフトウェアです。
- 自由エネルギー計算に基づいたRNAの二次構造予測
- RNA二次構造の可視化と各ヘアピン領域における自由エネルギーの計算
- RNAパターンの検索
CLC Protein Workbench
CLC Protein Workbenchは、CLC Free Workbenchの機能に、Blast検索、アミノ酸配列のアライメント、タンパク質構造の3次元表示などのタンパク質配列解析用の機能を追加したソフトウェアです。
- 膜貫通領域の予測
- SignalPを利用したシグナル配列領域の予測
- タンパク質の二次構造予測
- タンパク質の電荷解析
- タンパク質からDNAへの逆翻訳解析
- PDBファイルの読み込みによる立体構造の可視化
- UniPlot検索
CLC Combined Workbench
CLC Combined Workbenchは、全てのWorkbenchの機能を搭載したソフトウェアです。
- 【参考文献】
- こちらのサイトをご覧ください。
- 【稼動環境】
- 各種Workbench
- Mac OS X 10.3 以上
- Windows 2000、XP、Vista
- Linux: Red Hat or SuSE
- 256 MB RAM 以上
- 最新のJAVAプログラム
- CLC Bioinformatics Cube / Cell
- 別途お問合せください。
